На четвёртом XML-форуме Mike Kay из Software AG привёл высокоуровневое сравнение XSLT и XQuery. Он заключил, что в основном они различаются своим развитием и перспективами, а XQuery более продвинутый, но требует сложных оптимизаций.
Подробнее: http://xmlhack.com/read.php?item=1463